自从这次会议之后，王佑安和李时之和一帮军方大佬一直都没有休息过，他们全部聚在总部的一个小会议室里面，首先开口的是王佑安，他用略微沙哑的声音说：“这次山东平乱，让我亲自见识了整个大明王朝北方的情况，整个北方基本上是生灵涂炭，民生衰败的非常厉害，几乎没有看见过从事生产的。整个大明基本上是靠着南方的输送得以苟延残喘。据说李自成他们还有意向南方逃窜，如果这群人到了南方，肯定会像蝗虫一样席卷南方经济。如果我们再等下去，我们得到的可能就是一个烂摊子，那时候我们不但不能从南方获取我们需要的资源，反而会成为我们经济发展的一大累赘。所以我认为我们当务之急就要是尽快控制南方，要阻止李自成等农民起义军的南下。在这之前，我已经在杭州建立了一个根据地，对整个江南地区行政架构也做了一些了解。我想我们可以控制整个江南地区，控制长江天险，让建奴和大明王朝和农民军在北方争夺有限的资源。这三家打得筋疲力尽的时候，我们再由南方一统整个大陆。我们这次要研究的事情就是怎么才能在不破坏南方所有经济体系的情况下，把整个南方控制起来，同时阻挡农民起义军南下和大明王朝的反扑。”
王佑安说完之后，就把目光转向在场的所有的人，两京制度是明朝的一项特殊制度，即同时设立南京和京师（北京）两个首都。这一制度的独特之处在于两个都城各设一套中央机构，且多有相同之处，但彼此独立，各不统署。两京制度的建立有着深刻的历史原因。121年明朝迁都北京，并改北京为京师，同时复原南京的名号。明成祖迁都北京后，出于种种原因，仍然保留了南京的都城地位，并保留了一套中央机构。南京和京师一样，设六部、都察院、通政司、五军都督府、翰林院、国子监等机构，官员的级别也和京师相同。北京所在府为顺天府，南京所在府为应天府，合称二京府。不过，南京各机构设员较少，管辖范围也仅限于南京。虽品级与北京各官相同，权力却大大不如。时人均把南京官视为闲职，官员由北京调往南京，也往往是一种贬斥。江南地区的粮食和物资便能满足北京的需要，所以南京在调运和保证物资供应上就有无可替代的作用，而且江南苏、松、杭、嘉、湖、常只占了全国的土地，但田赋却占了全国的22。所以从漕运和赋税两项来看，南京的经济地位是无可撼动的。南京工商业十分发达，仅江宁县而言就有多达九十五个行业。特别是丝织业，南京最出名的便是云锦，织成的龙衣蟒袍、花素缎匹专供皇室享用，或用于赏赐臣僚，或赠送外国使臣。除丝织业外，印刷业、造船业、棉纺织业、制扇业、竹器都有很高的制作水准。南方人才聚集，科举成绩远超北方，以至于才有了明朝南北取士之分。南京官员权力很小，几乎没有繁重的公务，许多官员闲来无事，吟诗作对，读为学。以南京为首的南方化教育昌盛，明朝16的进士出自应天、镇江、常州、苏州、松江、杭州、嘉兴、湖州八府，南方科举化昌盛由此可见。根据顾起元在《客座赘语》记录万历朝南京的军队人数：今大教场营见存兵止六千，小教场营兵止九千一百，神机营兵止二千五百，巡逻游巡营兵止三千六百，新江口营兵止五千八百……把这些人加起来一算，原来万历年间的南京，总共也只有两万七千多人的军队。与规定的人数相比，几乎缩水了八成。由此推测，嘉靖朝时，南京城的军队人数也不会多到哪儿去。南京的主要守备力量，也是京营。南京呢，天高皇帝远，更没人查，年深日久，管理混乱，腐败丛生。留到了明朝中后期，南京的营兵已经成了这样：“老稚疲癃居什之九，徒手寄操居什之二。”
这几天连续开会声音有点沙哑，他喝了口水接着说：“我的想法是从长江直接分割，先消灭操江水师控制长江沿岸重点城市，凭借长江阻挡崇祯北方援军，然后我们可以从南到北或是从北到南慢慢消化各地军队。”张武见王佑安说完接着说：“福建郑芝龙怎么处理？如果直接消灭我们可能会付出很大的代价，我建议想办法直接逼降他，郑芝龙现在已经没有年轻时的锐气，让他交出军队做个富家翁。”刘二轻蔑的一笑说：“郑芝龙他们现在根本出不了海，光在岸上他没什么可蹦跶的。”候玉龙说：“我的人对他们进行过了解，郑家实力不可小觑，整个福建基本都在他的控制下，手下有近十万人。我认为还是逼降好，我们可以封锁他的海路，让他失去经济来源，再让人与他谈判。如果可以让影响力不大的子侄继续在军队中效力或从政我估计他能接受投降。”李时之说：“我认为我们应该军事手段和经济手段同时用，用军事手段威逼，用经济手段团结大多数人，最好能和平控制，我们的人手严重不足。只要拥护我们的政策和我们的理念的人我们都要团结起来，不然我们培养的人也不够。再在江浙地 区经济发展很快，明王朝的制度严重伤害了新兴地主利益，我们可以团结这部分人，并且改造他们，我们真正的敌人只有明王朝的勋贵、维持封建统治的旧地主，这样一来我们的敌人就少多了。”王佑安见大家讨论也很充分了，总结说：“大家讨论得很好了，我们兵分三路，北洋舰队负责控制长江流域，南海舰队负责封锁福建外海，陆军负责陆地作战，分南北两路，整个军事作战要配合经济手段，不宜打得过快，经济手段要先行，对于个别特殊人员可以直接斩首，尽量维持经济不要受到大的破坏。我们这次是占领，所以相应的行政人员要提前准备好，我们占领一个地方就要治理好一个地方。”